Mae'r Is-adran Tir, Natur a Choedwigaeth yn arwain ar bolisïau ar gyfer Tirweddau Dynodedig a Pharciau Cenedlaethol, Iechyd Planhigion, Plaladdwyr, Hadau, amddiffyn cnydau GM, Bywyd Gwyllt, Bioamrywiaeth a Choedwigaeth. Mae hyn yn cynnwys creu Coedwig Genedlaethol i sicrhau buddion i fyd natur, dinasyddion a'r economi yng Nghymru.